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Génome du cancer : la carte la plus précise à ce jour

Au terme d’une exploration génétique sans précédent, l’équipe de l’étude PCAWG lève le voile sur la cause de certains cancers, les événements déclencheurs et les mécanismes évolutifs
±ĘłÜ˛ú±ôľ±Ă©: 5 February 2020

Une Ă©quipe internationale comprenant des chercheurs de l’UniversitĂ© Ŕ¦°óSMÉçÇř vient de mettre la dernière main Ă  l’étude la plus approfondie Ă  ce jour sur des gĂ©nomes entiers de cancer. Notre comprĂ©hension du cancer s’en trouve considĂ©rablement prĂ©cisĂ©e et de nouvelles avenues de diagnostic et de traitement se dessinent.

ł˘â€™Ă©tłÜ»ĺ±đ ±Ę°ä´ˇ°ÂłŇĚý(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Project, mieux connue sous l’appellation « Pan-Cancer Project ») a Ă©tĂ© rĂ©alisĂ©e par le partenariat ICGC/TCGA, rĂ©unissant plus de 1 300 scientifiques et cliniciens issus de 37 pays. Cette Ă©quipe a analysĂ© au-delĂ  de 2 600 gĂ©nomes correspondant Ă  38 types de tumeurs et constituĂ© ainsi une mĂ©gabase de donnĂ©es gĂ©nomiques sur les cancers primitifs. Par la suite, 16 groupes de travail se sont penchĂ©s sur de multiples aspects de l’apparition, de l’évolution, de la progression et de la classification du cancer.

Les études antérieures portaient sur la partie du génome codant pour des protéines, soit 1 % du génome : c’est un peu comme si on ne cartographiait que la bande côtière d’un continent. L’équipe PCAWG, elle, s’est enfoncée dans le reste du génome, notamment dans des régions de première importance capables d’activer et de désactiver des gènes : ici, on ne se contente pas de tracer la ligne côtière, mais on dresse la carte du continent entier.

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Partage d’un corpus pour la recherche sur la génomique du cancer

Grâce à l’étude PCAWG, nous disposons aujourd’hui d’un corpus complet pour la recherche sur la génomique du cancer : données brutes de séquençage du génome, logiciel d’analyse du génome du cancer et multiples sites Web interactifs explorant les données de l’étude sous toutes leurs coutures.

L’équipe de cette étude a perfectionné l’analyse des génomes du cancer en ayant recours à des méthodes novatrices, notamment l’infonuagique, pour ensuite les appliquer à son vaste ensemble de données, a fait des découvertes sur la biologie du cancer et a confirmé les importants constats d’études antérieures. Voici ce qui ressort des 23 articles publiés récemment dans Natureet ses revues affiliées :

  • D’une extrĂŞme complexitĂ©, le gĂ©nome du cancer n’en constitue pas moinsun ensemble fini, accessible au savoir. Ă€ partir de la sĂ©quence du gĂ©nome entier et d’une sĂ©rie d’outils d’analyse, nous pouvons non seulement caractĂ©riser chaque modification gĂ©nĂ©tique liĂ©e au cancer et tous les processus ayant conduit Ă  cette mutation, mais Ă©galement dĂ©terminer l’ordre de survenue des grands Ă©vĂ©nements de l’existence d’un cancer.

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  • Les chercheurs auront bientĂ´t rĂ©pertoriĂ© toutes les voies biologiques en jeu dans le cancer et disposeront dès lors d’un portrait plus complet de leur rĂ´le dans le gĂ©nome. Ils ont observĂ© une mutation causale dans la quasi-totalitĂ© des cancers analysĂ©s et constatĂ© l’énorme diversitĂ© des processus mutagènes, qui peuvent aller d’un simple changement des lettres de l’ADN Ă  la rĂ©organisation de chromosomes entiers. Enfin, ils ont repĂ©rĂ© de nombreuses rĂ©gions du gĂ©nome qui rĂ©gissent l’activation et l’inactivation des gènes et seraient le siège de mutations cancĂ©rigènes.

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  • Grâce Ă  une mĂ©thode novatrice de « datation au radiocarbone », les chercheurs ont dĂ©couvert qu’il Ă©tait possible de dĂ©tecter des mutations survenues des annĂ©es, parfois mĂŞme des dizaines d’annĂ©es, avant l’apparition d’une tumeur. VoilĂ  qui ouvre, du moins en thĂ©orie, des perspectives intĂ©ressantes pour la dĂ©tection prĂ©coce du cancer.

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  • On peut dĂ©terminer avec exactitude Ă  quel type de tumeur on a affaire Ă  partir des changements gĂ©nĂ©tiques observĂ©s dans le gĂ©nome. Cette information pourrait se rĂ©vĂ©ler utile pour le diagnostic – lorsque les Ă©preuves cliniques usuelles ne dĂ©voilent rien du type tumoral – et pour l’éventuelle adaptation du traitement au type de tumeur en cause.

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« Nous sommes ici devant le fruit de dizaines d’annĂ©es de collaboration et de partage de donnĂ©es… Mais vu l’entrĂ©e en vigueur rĂ©cente du Règlement gĂ©nĂ©ral sur la protection des donnĂ©esen Europe, est-il encore possible de cartographier ainsi le cancer? Les patients d’aujourd’hui et de demain sont-ils dĂ©sormais protĂ©gĂ©s Ă  leurs corps dĂ©fendant? Vient-on de sonner le glas de l’accès sans entrave aux ressources scientifiques? Le monde devra se donner un code de conduite international pour contrer ces Ă©ventuels obstacles Ă  la cartographie de maladies qui n’ont que faire de ce genre de conventions », a dĂ©clarĂ© la Pre Bartha Maria Knoppers, directrice du Centre de gĂ©nomique et de politiques de l’UniversitĂ© Ŕ¦°óSMÉçÇř et coauteure de l’étude.

Pour en savoir davantage sur cette Ă©tude, consultez la revue .

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Complément d’informations

ICGC – International Cancer Genome Consortium ()

TCGA – The Cancer Genome Atlas ()

PCAWG – Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes ()

UCSC – Université de la Californie à Santa Cruz()

Expression Atlas ()

PCAWG-Scout ()

Chromothripsis Explorer ()

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L’UniversitĂ© Ŕ¦°óSMÉçÇř

FondĂ©e en 1821 Ă  MontrĂ©al, au QuĂ©bec, l’UniversitĂ© Ŕ¦°óSMÉçÇř figure au premier rang des universitĂ©s canadiennes offrant des programmes de mĂ©decine et de doctorat. AnnĂ©e après annĂ©e, elle se classe parmi les meilleures universitĂ©s au Canada et dans le monde. Établissement d’enseignement supĂ©rieur renommĂ© partout dans le monde, l’UniversitĂ© Ŕ¦°óSMÉçÇř exerce ses activitĂ©s de recherche dans deux campus, 11 facultĂ©s et 13 Ă©coles professionnelles; elle compte 300 programmes d’études et au-delĂ  de 40 000 Ă©tudiants, dont plus de 10 200 aux cycles supĂ©rieurs. Elle accueille des Ă©tudiants originaires de plus de 150 pays, ses 12 800 Ă©tudiants internationaux reprĂ©sentant 31 % de sa population Ă©tudiante. Au-delĂ  de la moitiĂ© des Ă©tudiants de l’UniversitĂ© Ŕ¦°óSMÉçÇř ont une langue maternelle autre que l’anglais, et environ 19 % sont francophones.

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