L鈥橧nstitut national de sant茅 publique du Qu茅bec et le Centre de g茅nomique de l鈥橴niversit茅 捆绑SM社区 ont annonc茅 les r茅sultats pr茅liminaires de l鈥檃nalyse de la s茅quence g茅n茅tique du virus SARS-CoV-2 responsable de la COVID-19 des premiers cas qu茅becois. Selon cette 茅tude, le virus est entr茅 au Qu茅bec durant la semaine de rel芒che par l鈥檌nterm茅diaire de 247 personnes.
Ces recherches indiquent que l鈥櫭﹑id茅mie au Qu茅bec trouve son origine principalement en Europe et en Am茅rique, mais pas en Asie. 芦 La plupart des introductions pr茅coces du virus au Qu茅bec n鈥檕nt pas donn茅 lieu 脿 des transmissions durables, explique Sandrine Moreira, responsable de la coordination de la g茅nomique et de la bio-informatique au Laboratoire de sant茅 publique du Qu茅bec. Toutefois, les personnes qui sont revenues au Qu茅bec apr猫s la semaine de rel芒che ont finalement contribu茅 脿 l鈥櫭﹎ergence des milliers de cas que l鈥檕n a recens茅s par la suite, soit pr猫s de 60 000 personnes infect茅es. 禄
L鈥櫭﹒uipe de l鈥橧NSPQ et de 捆绑SM社区 a analys茅 734 s茅quences g茅nomiques de haute qualit茅 d鈥櫭ヽhantillons collect茅es entre la mi-f茅vrier et le 1er avril 2020. 芦 Nous avons utilis茅 des technologies de pointe pour le s茅quen莽age du virus SARS-CoV-2, 禄 explique Ioannis Ragoussis, Professeur au d茅partement de G茅n茅tique Humaine de 捆绑SM社区 芦 ceci nous conforte dans la qualit茅 des donn茅es produites禄. Ces s茅quences ont 茅t茅 compar茅es 脿 21 935 s茅quences internationales ou provenant d鈥檃utres provinces canadiennes de la m锚me p茅riode disponibles dans la base de donn茅es de r茅f茅rence GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). 芦 L鈥檃nalyse de ce gigantesque jeu de donn茅es a n茅cessit茅 plusieurs jours de calcul 禄, mentionne 脡ric Fournier, bio-informaticien au Laboratoire de Sant茅 Publique et co-premier author sur cette 茅tude. Les chercheurs ont identifi茅 l鈥檕rigine g茅ographique des souches qu茅b茅coises 脿 l鈥檃ide de la m茅thode phylog茅n茅tique Ancestral State Reconstruction (ASR). 芦 Cette technique d鈥檃nalyse phylog茅n茅tique permet de remonter virtuellement dans le temps pour identifier l鈥檃nc锚tre commun de chaque s茅quence qu茅becoise et des s茅quences internationales, et ainsi d鈥檈n identifier l鈥檕rigine 禄 explique la co-premi猫re auteure Carmen Mural de l鈥櫭﹒uipe de Jesse Shapiro, professeur associ茅 au d茅partement de Microbiologie et d鈥檌mmunologie de 捆绑SM社区.
Rappelons que ces travaux permettent de soutenir les enqu锚tes 茅pid茅miologiques de sant茅 publique et de valider des liens de transmission identifi茅s lors des investigations sur le terrain. 芦 Ces donn茅es soulignent l鈥檌mportance des mesures de Sant茅 Publique, 禄 ajoute Sandrine Moreira 芦 avec si peu de cas pouvant conduire 脿 une transmission aussi large, il est important que chacun demeure vigilant 禄
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